林维源纳资为内阁中书。虽家财富甲一方,但持家勤朴节俭。其不但办事认真,而且乐善好施。光绪五年(1879年)台北府建城,他被任为督办,事毕授四品卿衔。林维源与厦门人李春生一道,捐资合建了“千秋”和“建昌”两条街,吸引各方中外商人到此营业,为台北的繁荣和发展打下了基础。在光绪十年(1884年)中法战争台湾保卫战中,他捐献白银50万两,以为支援,因此,被授为内阁侍读,迁太常寺少卿。光绪十二年(1886年),台湾首任巡抚刘铭传在台湾办抚垦,请林维源为帮办,光绪十七年(1891年)以清赋有功,林被晋升为二品太仆寺正卿。
光绪二十一年(1895年),日本以《马关条约》为借口,出兵侵占台湾,台胞奋起反抗,清政府则不予支持。在日本强占全台的危急情况下,林维源即举家(包括其侄媳陈芷芳,即我国末代“帝师”陈宝琛的二妹)内渡,居于厦门鼓浪屿(后来,陈芷芳率子女迁居福州杨桥巷)。此后,日本人曾多次派人劝说和引诱林维源回台协助治理,均遭严辞拒绝。林维源一生未曾入日籍,也不曾再回台湾,卒后葬于祖籍地龙溪县白石保,即今龙海市杨厝村,保持了中国人的民族气节。
日本政府在侵台初期,因镇压不住台胞的顽强反抗,深感棘手,欲将台湾卖出以甩掉包袱。林维源闻讯后,马上表示愿拿出400万两白银,帮助清政府把台湾赎回来。但因腐败无能的清政府不积极,未能实现,造成了他的终生遗憾。
林维源之子林尔嘉(1875—1951年),字菽庄。于1913年在鼓浪屿建造了名闻中国南部的菽庄花园。他于1945年日本投降之后,才回到阔别50年之久的台湾,实现了其父的遗愿。